Le mariage de sa sœur avec Ludovic Sforza va lui donner l’occasion, non seulement d’éblouir par sa beauté et son esprit mais aussi de faire ses premières armes de diplomate au service de Mantoue. Elle veut créer une complicité entre elle et Ludovic le More. En ces jours de noces, il est plus attiré par Isabelle que par Béatrice. Il a 40 ans, immensément riche, il fascine Isabelle car il est très beau alors que son mari est plutôt laid. Il est savant, contrairement à François et protecteur de l’architecte Bramante et de Leonard de Vinci.

Y-a-t-il eu idylle ? Mystère. Aucune correspondance ne l’atteste : les nombreuses lettres qu’ils échangeront, si elles sont galantes de la part du More, ne laissent rien supposer d’une liaison charnelle. Ce qui est avéré, c’est qu’Isabelle noua avec Ludovic une étroite amitié. Sachant son mari infidèle et n’en laissant rien paraître… il n’y a pas pas de preuves qu’elle ait pris des amants, moins par vertu, sans doute que par orgueil, souci de sa dignité : “Prima donna del mondo“ elle s’efforcera de l’être en toute circonstance ! Cette retenue dans sa vie amoureuse, ne l’empêchera pas de s’entourer d’une suite juvénile, bataillon de jolies femmes à qui toute licence sera permise, si la marquise le juge politiquement utile ! Amours, délices et orgues par procuration !
Ce sentiment très vif de l’honneur familial et de sa grandeur l’ ont attachée à son époux dont elle servira les intérêts jusqu’au bout. À Milan, en cette année 1491, c’est elle la reine, au cours des festivités du mariage de Ludovic le More et de sa sœur, la jolie Béatrice qui saura, elle aussi se faire aimer du More et ne sera jamais jalouse de sa sœur aînée qu’elle adore.

Une fois rentrée à Mantoue, Isabelle recevra des lettres, des cadeaux de Ludovic dont l’admiration ne se démentira jamais à son égard et dont elle saura utiliser l’influence au profit de sa famille : née d’Este, devenue Gonzague, elle mettra toute son énergie à favoriser leur puissance quitte à jouer double et triple jeu.

Sa vie au Castello de Mantoue n’est pas aussi excitante que celle de Béatrice à Milan ! mais l’occasion d’un voyage s’offre à nouveau : à Bologne, son frère, Alphonse d’Este épouse Anne Sforza, nièce du régent de Milan. Les ambassadeurs français et vénitiens ne tarissent pas d’éloges sur la Marquise que le Doge invite à Venise. Son époux au service de la Sérénissime, lui confie les rênes du gouvernement. Elle fait alors preuve de zèle et de compétence prenant conseil auprès de son père et de Ludovic Sforza.

Elle s’active à la décoration de ses appartements et s’attache définitivement Mantegna en le faisant nommer chevalier — le rêve de l’artiste — Pour elle, il achève la série des Triomphes (triptyque pour la chapelle) Le parnasse ou triomphe de l'amour. Puis : Le triomphe de la vertue : sujet littéraire très compliqué comme Isabelle l’affectionnait. Elle ne sera pas satisfaite du portrait que fit d’elle Mantegna, mais à sa mort en 1506, elle écrit à Lorenzo da Pavie : “Lorenzo, nous étions sûre que vous pleureriez la mort de messer Andrea Mantegna, car ainsi que vous le dîtes, une grande lumière s’est éteinte.“